Zwischen den sanften Höhen des Nationalparks Hainich mit seinem Baumwipfelpfad und dem katholischen Eichsfeld mit dem Westerwald liegt Mühlhausen. Besonders der Nationalpark mit seiner unberührten Natur ist ein echter Urwald inmitten unseres Landes. Viele Wanderwege führen hindurch und ein Baumkronenpfad sogar hoch hinaus. Westlich der Stadt lockt der Stadtwald mit den markanten Mammutbäumen und vielfältigen Wegen zum Wandern, Radfahren oder Joggen. Auch innerhalb der Stadt ist es grün: Der große Park zwischen Schwanenteich und Popperöder Quelle ist bei den Mühlhäusern ein beliebtes Ausflugsziel, ebenso wie der Thomas-Müntzer-Park am Rieseninger und die Naturdenkmäler Thomasquelle und Thomasteich.
Nach der Vereinigung vermaßen Geografen das neue, jetzt vereinte Deutschland und ermittelten einen Punkt in der Nähe von Mühlhausen als neuen geografischen Mittelpunkt. Im Februar 1991 wurde an dieser Stelle eine große Linde gepflanzt und ein großer Basaltblock abgelegt. Das nahe gelegene Niederdorla ist aber noch aus geschichtlicher Sicht ein interessanter Ort in der Mühlhäuser Umgebung: Hier fanden Archäologen eine uralte und mehr als 1.000 Jahre alte Opferstätte. Heute ist das ehemalige Opfermoor mit seinen Götzen auf einem Rundgang erlebbar, einige weitere Funde lassen sich im daneben errichteten Ausstellungsgebäude besichtigen. Auf dem Freigelände sind einige germanische Häuser originalgetreu nachgebaut, da sich nicht weit vom Opfermoor entfernt eine frühe Siedlung befand.
Die Mühlhäuser Stadtkirmes hat eine langjährige Tradition und ist die größte Stadtkirmes in ganz Deutschland. Ganze zehn Tage lang feiern die Mühlhäuser mit ihren Gästen in den einzelnen Kirmesgemeinden, während in dieser Zeit auf dem Blobach die Fahrgeschäfte der Schausteller aufgebaut sind. Die Kirmes beginnt in jedem Jahr am letzten Wochenende im August. Zum ersten Kirmessonntag zieht sich der große Umzug durch die Stadt, zu dem immer viele Schaulustige die Straßen säumen. Mit einem großen Feuerwerk endet schließlich das Fest.
Von der Quelle bei Kefferhausen durch Thüringen hindurch bis zur Mündung in Naumburg führt der Unstrut-Radweg an der Unstrut entlang. Mit nicht ganz zweihundert Kilometern ist der Radweg abwechslungsreich und quert neben der Freien Reichs- und Hansestadt Mühlhausen auch die Rosenstadt Bad Langensalza. Das Rosarium und der japanische Garten laden besonders im Sommer zu einem längeren Verweilen ein. Weiter geht es durch Sömmerda, an der Wasserburg Heldrungen vorbei, über Freyburg nach Naumburg. Der Unstrut-Werra-Radweg verbindet dagegen Mühlhausen mit Treffurt. Von Mühlhausen über Oberdorla mit dem Opfermoor, den Nationalpark Hainich geht es bis nach Treffurt, einem kleinen romantischen Städtchen an der Werra. Die Burgruine Normannstein erinnert an die einstige Herrschaft der Treffurter Ritter. Beide Radwege sind für Tourenradler, aber auch für Naturliebhaber und Familien sehr gut geeignet, da sie ohne große Steigungen auskommen.
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